赤松德郎是个脚踏实地的小型运输公司老板，一直努力维持公司，然而某天他公司的货车发生轮胎飞脱导致年轻母亲死亡的事件，在警方和媒体都认为他是杀人凶手之时，赤松查出全国都出现类似的事故，全部都涉及大型汽车制造商「希望汽车公司」的汽车，于是赤松为了证明自己无罪讨回公道，只身挑战庞大企业。
杀人越货的罪犯连续神秘死亡，人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主，警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断，基拉有97%的可能性身在日本，于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前，L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。
L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时，泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。
L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月，不料，多年的搭档渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决渡所留下的任务。直升机送来了一箱给渡的礼物，里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知，该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时，少女真希带着父亲的遗物来找渡，她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到，L带着两个孩子开始了逃亡。只剩6天了，L决定与阴谋者决一死战。
上一集中大难不死的Tommy,由于严重的刺激，患上了精神疾病，因为被送到疗养村进行康复治疗。刚入住不久的Tommy就目睹了病人的惨死，而Jason也仿佛又回到了人间，开始了一场血腥的杀戮……
