知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

　　继母因无力负担生活，将苏菲和她的两个妹妹都送到了制帽店去当学徒。两个妹妹很快先后就离开了制帽店去追寻各自的梦想，只有苏菲坚持了下来。一天，小镇旁边来了一座移动堡垒，传说堡垒的主人哈尔专吸取年青姑娘的灵魂，所以小镇的姑娘都不敢靠近。
　　一个恶毒的巫婆为了报复苏菲与哈尔见面，用巫术把她变成了一个80岁的老太婆，而且苏菲还不能对别人说出自己身中的巫术。无奈，苏菲决定独自一人逃离小镇。天黑了，虚弱的苏菲没走多远，来到了移动城堡。心想自己已经是老太婆了，苏菲壮着胆子走进了城堡。不想，遇到了和她遭遇相同的火焰魔。两人约定彼此帮助对方打破各自的咒语……

　　蒂亚娜（Tiana）是个从不相信童话的女孩子，具有烹饪天赋的她最大的目标便是开一家属于自己的餐厅，多年来她一直努力赚钱，希望够自己的双手去实现梦想。可是就在她即将攒够钱的那天晚上，她遇到一只自称是王子马文（Naveen）的青蛙，他说自己是被影子人施了魔法并且许诺只要蒂亚娜吻他，那么他就可以帮蒂亚娜实现梦想。可是当蒂亚娜吻完青蛙，青蛙并没有变成马文王子，蒂亚娜却变成了一只青蛙。他们在躲避坏人的追赶时遇到喜欢演奏爵士乐的鳄鱼路易斯和荧火虫雷蒙，他们决定一起去密西西比河河口找女巫妈妈沃提帮忙。邪恶的影子人派出大批的影子杀手已经追上了这一行人，在紧要关头，妈妈沃提出现救了他们并且告诉了他们如果要变会人类，马文就必须去亲吻真正的公主夏洛特。可是此时马文在和蒂亚娜相处的过程中早已经爱上了这个执着的女孩子……
　　本片无论从音乐和画面都融入大量新奥尔良元素，为影片创作音乐的兰迪·纽曼（Randy Newman)曾获奥斯卡奖，他本人就是新奥尔良人。

　　双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。
　　害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，幼稚园新来了一位名叫雪人（古川登志夫 配音）的老师，而雪人来这里的唯一目的，就是夺回小新的扑克牌。很快，笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任，并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际，小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语，打败了雪人。

　　新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。

　　此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……
　　本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。