大学生郑少鹏在家被一本厚重的历史书砸晕，醒来后发现自己竟来到了丹朱王朝，并化身为穷秀才杨麟。在内忧外患的年代，杨麟经历了战乱，见识了民间疾苦后，凭借自己的智慧和能力在朝中博得一席之地，逐渐带领丹朱王朝走上了内制贪官、外御强敌、科技进步、破除迷信的强国之路！
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
擅长机甲骗术的秦明，被擅长解谜的白齐拉去当金吾卫，成为辟火司的救火员，在雷火案中结识了兵马司的“一姐”荆一飞，三人组成探案小队，不仅要拨开层层迷雾，更了解了各自的身世，以及身为金吾卫的职责和意义。
