Luffy是镇上的捕头，Usopp是他的搭档。Nami和Sanji经营着“风车”餐厅。ZORO是一个和尚，而乔巴是镇医生。和许多其他在TV中出场过的熟悉人物。

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　科技发达的机械化理想国度，帝国。驱使超自然力量·星灵术，作为“魔女之国”受人畏惧的涅比利斯皇厅。两国的漫长战争仍在持续。
　　帝国最强战力伊思卡和别名“冰祸魔女”的皇厅公主爱丽丝莉洁在激战中逐渐了解对方的真心，被对方的人生理念和理想所吸引，成为了劲敌。
　　二人在独立国家阿尔萨米拉粉碎了帝国和皇厅的阴谋，约定改日再见后，走上了各自的道路，却以意外的形式实现了约定。
　　伊思卡和爱丽丝的妹妹希丝蓓尔达成交易，作为她的护卫潜入了皇厅。爱丽丝为了寻找希丝蓓尔，来到了皇厅的都市里斯伯登。
　　偶然的重逢让二人的内心燃烧得更加激烈，然而与此同时，帝国的间谍“纯血种·受试体E”在皇厅内部暗中活跃，帝国的“特殊任务·女王捕获计划”即将启动。
　　伊思卡和爱丽丝的关系面临撕裂，他们究竟能否对抗这一命运。