怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
属于杀手协会的职业杀手组合杉本千里(高石明里饰)和深川真弘(伊泽彩织饰)前往宫崎县出差。一到达就完成了任务，充分享受着度假的气氛，但千里发现了一件事。今天是搭档真寻的生日，但是之后还有下一个杀人的计划，连准备礼物的时间都没有!他隐藏内心的焦虑，前往目标所在的宫崎县政府。本来只是干掉一个小混混的简单工作，但是在指定地点的却是拿枪指着目标的神秘男子。这个男人的真实身份是独狼杀手冬村枫(池松壮亮)。以杀死150人为目标的“史上最强敌人”，将千里和真弘逼到了绝境... ..。
一个雷雨交加的夜晚，寺庙僧人捡到了一只被遗弃的小猫，并为它取名为“小杏”，数十年后，小杏竟然长成了一只会说人话的巨大“猫妖”。在一次偶然的契机下，少女花梨与猫妖小杏展开了一场穿越地狱的奇幻冒险之旅……
