东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

　　柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

美丽的江藤伦子（真咲乱 饰）继承了母亲的姣好容貌，吸引了无数人的注意。无奈父母因车祸双亡，伦子和弟弟俊介（矢吹龍一 饰）相依为命。为了生计，她进入母亲曾经供职的大手商社，并得到社长高见泽（児玉謙次 饰）的照顾，担当了他的秘书。伦子秀丽端庄，宛如一朵圣洁不可侵犯的白莲花，高见以及夜总会的佐伯（港雄一 饰）都对她垂涎三尺，只可惜无从下口。                                                                      　　某个晚上，俊介跟朋友出入夜总会，经介绍结识了风姿绰约的老板娘野泽亚纪子（志麻いづみ 饰）。一夕欢愉过后，却不曾想落入佐伯的圈套。未过多久，伦子也被骗入夜总会。罪恶之夜，所有的美好都被摧毁……

　　明治时期，继承了父母遗产的男子南田收一（柳憂怜 饰）过着衣食无忧的生活。他的妻子都子（宮地真緒 饰）美丽雍容，气质不凡。只是夫妻间的关系似乎并不融洽，收一对妻子如痴如醉，几近疯狂；都子则对丈夫心存恐惧，一心逃离。此后不久，都子恋上收一的朋友——经营牙科诊所的琴浦（大浦龍宇一 饰），继而发生不伦之恋。有感于妻子的异常举止，收一决心调查，却被琴浦阻止。而琴浦却延请明智小五郎调查都子，以障耳目。小五郎的妻子文代（星野真里 饰）自告奋勇，但在调查过程中发觉这段三角恋情正在死亡的泥潭越陷越深……
　　本片根据江户川乱步的小说《妻に失恋した男》改编。

　　FAIZ將劃破黑暗
　　為這個世界帶來光明。
　　發生在不遠的未來、某一個國家的故事…。
　　在那裡，世界的大半都已經被人類的進化型態──
　　「再生使徒」所支配。
　　再生使徒的城市裡，人類的存在是不被允釭滿C
　　躲躲藏藏過日子的人類當中，
　　有個少女名叫園田真理。
　　真理宣揚著FAIZ(乾巧)這位救世主的存在，
　　但是並沒有人願意相信她這個夢幻的故事。
　　智腦公司對１萬人的騎士部隊、
　　下達了殲滅人類命令。
　　「全員變身！」
　　獻給活在這個時代
　　卻失去了光明的所有人們的鉅作。

　　原作：奥瀬サキ
　　监督：新房昭之
　　絵コンテ：大橋誉志光
　　人设：阿部恒
　　音乐：浦田恵司